Sie wird nur in Ausnahmefällen durchgeführt und dient zur Desinfektion eines Bereiches, der zur Pflege eines Infektionskranken diente. Durch die Schlussdesinfektion soll erreicht werden, dass für diesen Bereich eine Infektionsgefährdung für andere Personen oder Patienten ausgeschlossen werden kann. Nur in besonderen Fällen wird eine Raumdesinfektion durchgeführt, ansonsten beinhaltet die Schlussdesinfektion eine Scheuerdesinfektion der Ausstattung und Einrichtung. Zur Durchführung sind besondere Vorkehrungen zu treffen ( Schutzanzug, Atemschutzmaske etc. )